Les ressources financières de la CENI proviennent des subventions inscrites annuellement au budget de l’Etat et des fonds provenant des bailleurs bilatéraux et multilatéraux. Le budget provisoire de la CENI pour organiser les élections de 2010 a été évalué à environ 43 millions de dollars américains. Le financement déjà acquis s’évalue autour de 30 millions de dollars américains.
Les contributions versées par l’Allemagne et la Chine ont été recueillis à travers des accords bilatéraux et dans le cas des autres pays , les contributions ont été recueillis à travers le fonds commun (basket fund) mis en place par le programme des nations unis pour le développement (PNUD). Les fonds apportés ont permis à la CENI d’effectuer l’opération d’enrôlement des électeurs et de mettre en place le centre de traitement des données.
Lors des cérémonies de signature des actes de confirmation des engagements d’appui au processus électoral du Burundi, le Président de la CENI, Monsieur Pierre claver Ndayicariye a lancé un appel aux autres partenaires pour qu’ils concrétisent leurs promesses, afin que les élections puissent se tenir dans des conditions confortables.
Cet appel a été entendu par l’Union Européenne qui vient d’apporter son appui aux élections de 2010 en signant avec le PNUD un accord de financement de 5.000.000 EUR, le 25 février 2010. Cet argent sera versé dans le basket fund.